Так как действие Borderlands: The Pre-Sequel происходит не на Пандоре, а на ее спутнике Элписе, здесь появилось большое количество противников, не встречавшихся в предыдущих частях серии. Несмотря на это механика новых врагов имеет аналоги в предыдущих частях. Все враги могут быть различных вариантов, а также усиленных видов (безбашенные, супербезбашенные и т.п.).
Люди[]
- Скавы – бандиты в скафандрах
- Пехота Забытого легиона – вооружённые силы корпорации Даль.
- Зараженные – сотрудники Гипериона, заразившиеся вирусом
Существа[]
- Краггон – похожи на помесь скагов и мордоплюев.
- Торки – маленькие насекомообразные паразиты.
- Шуггураты – парящие над поверхностью агрессивные существа. Похожи на споры. Как и улей ракков, являются живым гнездом для ратидов.
- Ратиды – крылатые существа, похожие на ракков, но с двумя парами крыльев.
- Живоглоты
- Молотильники
Флора[]
- Криоплющ – похожее на гриб растение, атакующее холодом. Аналог жгучих кактусов из Borderlands 2.